1983年5月，孙立人自清华大学毕业满60周年，虽未能前往，但台湾清华大学派杨觉民教授登门赠送纪念金牌。杨随后发表一篇文章，讲述孙立人近况，这是孙立人被软禁28年来第一次公开见诸报道。
上世纪80年代是台湾社会巨变的关键时期，政治气氛也愈加缓和。1984年，台北动物园为庆祝大象林旺（此象系抗战胜利后由孙立人的新一军带回的战利品）60岁生日，邀请当年参加中印缅作战的老兵出席，这些孙立人的老部属由此开始了聚会，关注孙立人的处境。
1986年，《孙立人事件始末记》一书正式出版，首次详细叙述孙立人案的全过程，引起舆论广泛关注。1987年7月14日，蒋经国发布“总统令”，台湾地区自1987年7月15日零时起解除戒严。政治气候转暖，让孙立人的旧属感到给老长官翻案的时机到了。以原新一军参谋长舒适存为首的十位将军发起组织了“印缅远征军联谊会”，为孙立人平反而努力奔走。1988年1月13日，蒋经国逝世。政治空气进一步活跃起来。2月，孙的家人联系自立晚报记者李文邦到孙家访谈，孙立人案真相随即发表。自此，“孙立人案”成为媒体报章关注的焦点新闻，要求恢复孙立人清白和荣誉，公布“监察院”五人小组调查报告的社会呼声和压力越来越大。
3月20日和27日，“国防部长”郑为元两度亲往台中拜访孙立人将军，表示今后将军有行动和言论的充分自由，可以到任何地方，见任何朋友。自此，孙立人结束了长达33年的幽禁生活，重获自由。有记者采访孙立人对“平反”一事有何感想时，孙立人立刻反驳“从未反过，何平之有！”
远在海外的长女孙中平得知这一喜讯，脱口而出埋在心底多年的话：“我终于可以自由自在，痛痛快快和爸爸妈妈通越洋电话了。”恢复自由后，民进党多次找他，让他出来揭露蒋介石的残暴，都被孙拒绝，以孙之言，并非不在意自己的遭遇，而因为蒋是长官，不肯言长官之过。孙立人始终思念着安徽老家，1988年，孙的旧属潘德辉回乡探亲，孙委托他到安徽庐江代为祭祖。经过查访发现，孙的祖坟早在文革时就被挖掉了，但潘还是代孙立人举行了隆重的扫墓仪式，并拍照带回。孙立人看到照片，激动地要向潘行跪拜大礼。1990年，潘再度受孙委托，回乡洽商墓地迁葬事宜。返台后，孙立人已处昏迷状态，喃喃地说：“为什么到今天才回来，我等你好久啊！”随即又陷入昏迷。1990年11月19日上午11时15分，经历不到3年自由的孙立人将军，带着毕生的遗憾，病逝于台中向上路家中，还差3天就是他的90岁寿辰。孙立人的临终遗言有三个版本：医生记录的是——我对得起国家；亲属记的是——还我清白；部下记的是——我是冤枉的啊！一代名将的遗言，竟是如此的悲壮与凄凉。孙立人逝世后，台湾各界人士及亲友旧属前往吊唁者络绎不绝。公祭前夜，有上千人为将军守灵。李登辉、郝柏村、严家淦、李元簇等政要致送挽联，宋美龄送了花圈，“国防部长”陈履安及军方代表、各团体及昔日袍泽旧属、亲友近万人参加祭奠。2001年，在多方努力下，台湾“监察院”终于正式公布《孙立人将军与南部阴谋事件关系案》调查报告，证明孙案纯系被阴谋设局的假案，应还当事人以清白。“行政院长”张俊雄到孙府代表政府向孙的家人表达慰问之意。长达33年的冤狱，终得昭雪。
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